Mátyás király 1490-ben halt meg, őt II. Jagelló Ulászló követi a trónon(1490-1516). Felszámolta a királyi zsoldossereget(a fekete sereget), eltörölték a rendkívüli hadiadót, a bányákat külföldi vállalkozóknak adta bérbe, minden fontos kérdésben csak a királyi tanácsban döntenek, a bárók és a nemesek között éles határvonal alakult ki. Ulászlót tízéves fia, II. Lajos követte a trónon(1516-1526), felesége Habsburg Mária, sógora a német-római császár és osztrák főherceg. A kormányzás teendőit egy bárókból, főpapokból és köznemesekből álló tanács látta el. A pénztelenség következtében a végvárrendszer karbantartása elmaradt, bár szerencsére nagyobb török támadástól nem kellett tartani, a szultán időről időre meghosszabbította a magyar királlyal fennálló békét. 1520-ban meghal a szultán, az új szultán Szulejmán(1520-1566), világhatalmi törekvései vannak, szokás szerint ismét békeajánlatot tesz a magyar királynak, de most visszautasítják, 1521-ben támadnak először, és legyőzik Nándorfehérvárt(1521. augusztus 29.), nyitott az út Buda felé. A vereség Mohácsnál érte a királyi sereget, a magyar haderő föloszlott. Habsburg Mária segítségért könyörgött a császárnál, II. Lajos kísérletet tett bevételeinek növelésére. 1526. április 23-án indul el I. Szulejmán Isztambulból Magyarország felé. A magyar főkapitányok Tomori Pál és Szapolyai György, a királyi hadsereg nagyon lassan gyülekezett, a törökök serege jóval ütőképesebb volt a magyar seregnél, a csata színhelye a mohácsi mező volt, a magyar sereg 1526. augusztus 29-én katasztrofális vereséget szenvedett a törököktől, a csatában II. Lajos is életét vesztette.

Ezzel a vereséggel véget ér az önálló magyar állam. A király nélkül maradt országban Habsburg Ferdinánd és Szapolyai János versengtek a magyar trónért. Ferdinánd támogatója volt a nádor, illetve mellett szóltak a Habsburg-Jagelló családi szerződések is, az ország nagyobbik része viszont Szapolyai és hívei birtokában volt. Először Szapolyainak sikerült magát megkoronáztatnia 1526. november 11-én(1540-ig uralkodott), 1527. november 3-án I. Ferdinánd is magyar királlyá koronáztatta magát(1564-ig uralkodott).

Szapolyai 1528. január 27-én szövetséget kötött a szultánnal, I. Szulejmán védnökséget vállalt Szapolyai országrésze felett. 1529. szeptember 8-án a szultán elfoglalta Budát és átadta Szapolyainak.

A két király által ellenőrzött terület határai folytonosan módosultak. 1538. február 24-én megkötötték a váradi békét, amiben az állt, hogy Szapolyai halála esetén Ferdinánd lesz az uralkodó. A következő évben Szapolyai feleségül vette a lengyel király lányát, Izabellát, és fiuk született, akit János Zsigmondnak neveztek el. János király a halálos ágyán megeskette híveit, hogy a váradi béke ellenére sem adják át az országot Ferdinándnak, végakarata teljesítésével Martinuzzi Fráter Györgyöt bízta meg, aki János Zsigmond gyámja lett.

1541. augusztus 29-én Buda török kézre kerül, az ország három részre szakad: a török hódoltság, Erdély és a királyi Magyarország.

A hódoltság:

Török közigazgatási formát vezetnek be ezen a területen:

vilajet(a török közigazgatás legnagyobb területi egysége, élükön a beglerbég, azaz a pasa állt)

szandzsák(a vilajetek további kisebb egységei),

náhije(a szandzsákok még kisebb egységei),

díván(a pasák tanácsadó testülete),

kádi(bíró),

defterdár(adószedő),

bég(török főtiszt, a pasánál alacsonyabb rangú),

mufti(török vallási vezető),

akcse(török fizetési eszköz{1 magyar forint = 50 akcse}),

haradzs(állami adó{50 akcse}),

hászbirtok(a szultáni kincstár közvetlen kezelésében álló birtokok{a szultáni birtok legzsírosabb földjei és leggazdagabb városai}),

tímárbirtok(a tímárok török iparosok, birtokuk a tímárbirtok),

szpáhibirtok(a szpáhik könnyűlovas katonák voltak, szolgálati föld fejében katonáskodtak, ezeket a birtokokat bármikor megvonhatták tőlük),

parasztvármegye(a magyar parasztság önvédelme és biztonsága érdekében létrehozott területi szervezetek a hódoltságban)

Szulejmán hadjáratai:

1520-21. Nándorfehérvár

1526. Mohács

1529. Buda

1532. Kőszeg(Jurisics Miklól)

1541. Buda

1543-47. Székesfehérvár, Esztergom

1552. Drégely(Szondi), Temesvár(Losonci István), Eger(Dobó)

1566. Szigetvár(id. Zrínyi Miklós), itt meghal Szulejmán

1568-ban megkötik a drinápolyi békét

Erdély:

A török uralom idején a törökök vazallus állama lett, eleinte Fráter György irányítja, megalkotja az önálló Erdélyt, hintapolitikát folytat(az országrész évi adó fejében elkerülte a török megszállást, valójában az ország egyesítésére törekedett, 1594. szeptemberében felajánlotta Ferdinándnak Erdélyt és a magyarországi területeket, ha János Zsigmond és Izabella cserébe illő kárpótlást kap, a barát hol a Habsburgoknak, hol a törököknek tett engedményeket), a speyeri birodalmi gyűlésen 1570-ben titkos szerződés értelmében János Zsigmond lemond a magyar trónról és felveszi az erdélyi fejedelmi méltóságot. Innentől Erdélyben fejedelemség van, János Zsigmond fiú utód nélkül hal meg, de a terület mégsem száll a Habsburgokra, a következő fejedelem Báthory István(1571-86).

Királyi Magyarország:

Ez a Habsburg birodalom része, Bécs által létrehozott kormányszékekkel irányítanak, ezek a következők:

helytartótanács(székhelye Buda, majd Pozsony, az uralkodót képviselik),

Magyar Kamara(az uralkodó magyarországi jövedelmeinek kezelését végzi, Pozsony, alárendelődött a bécsi Udvari Kamarának),

az Udvari Kancellárián belül külön osztályt alakítottak ki a magyarországi ügyekkel kapcsolatos iratkiadásra,

Udvari Haditanács(a magyar végvári védelmet felügyelte)

Az uralkodó I. Ferdinánd és később utódai.